Bambini acquatici narra la storia del piccolo Tom, uno spazzacamino maltrattato e sfruttato dal suo padrone. Quando viene condotto a pulire i camini di una grande residenza gentilizia, Tom si perde tra i numerosi comignoli e finisce nella stanza di Ellie, una bellissima bambina che dorme nel suo letto. Inseguito da padroni, serve, maggiordomi e cani che lo credono un ladro, fugge, si perde in un bosco e infine inciampa cadendo in un fiume. Trasformato dalle fate in un bambino acquatico, si ritrova a vivere le più incredibili avventure. Si imbatte in nutrie saccenti, granchi impauriti, trote smemorate e fanatiche libellule, e incontra la piccola Ellie, a sua volta divenuta una bambina acquatica. Lei gli farà da maestra e lo spingerà a intraprendere il grande viaggio che ogni bambino deve compiere per diventare adulto.